Dal ruling ufficiale di Heliod:
Rulings
24/01/2020 Heliod’s triggered ability triggers just once for each life-gaining event, whether it’s 1 life from Daxos, Blessed by the Sun or 3 life from Cling to Dust. If you gain an amount of life “for each” of something or “equal to the number” of something, that life is gained as one event and Heliod’s ability triggers only once.
In teoria è come hai detto tu, ogni volta che una magia o abilità ti fa guadagnare vita Heliod triggera una sola volta indipendentemente da quanta vita hai guadagnato, come dice nel ruling. Magari avevi diverse abilità in pila che hanno causato trigger diversi. Metti che in campo hai due
Soul Warden e Heliod. Giochi una creatura, quindi triggerano entrambe le guardiane facendoti guadagnare 2 vite da due trigger diversi che enrtambe triggerano Heliod facendoti mettere 2 segnalini anzichè 1. Magari era una situazione del genere.
Oppure è un bug e con Arena non mi stupirebbe.