Oltre al metodo di donChi (che trovo forse troppo complicato, sia da attuare, che per memorizzare ogni carta di quale espansione è :P), puoi fare così, sempre sulla falsa riga di quello:
-Dividi le creature dalle non-creature;
-Dividi per colore le creature e le non-creature.
In questo modo avrai:
-Creature
--Bianche
--Blu
--ecc ecc...
-Magie
--Bianche
--Blu
--ecc ecc...
-Terre.
Questa è una divisione più che accettabile per sia il raccoglitore da scambi, che per quello delle carte che ti servono.
Poi, se prediligi un certo formato rispetto ad un altro (ma solo uno, per evitare di fare confusione), puoi fare un raccoglitore a parte inserendoci le carte utili di quel formato.
Io, per farti un esempio, ho:
-Scatoloni di carte inutili comuni e non comuni (davvero inutili, le toccherò si e no una volta ogni anno per vedere se c'è qualche "perla nascosta", a mò di caccia del tesoro), divise SOLO per colore;
-Raccoglitori di carte comuni e non comuni giocabili in tutti i formati, ordinate per colore e poi creature e magie;
-Scatola in cui metto comuni e non comuni giocabili SOLO IN MODERN (essendo il mio formato principale)
-Raccoglitore delle rare giocabili per ogni formato (dato che sono in numero minore rispetto alle comuni/noncomuni).
In questo modo posso facilmente reperire le carte che mi servono dalla scatola e il raccoglitore delle rare, e nel caso io faccia qualche altro mazzo (non modern), posso dare un occhio al secondo raccoglitore di comuni.
Poi quando ho tempo da buttare, inizia la caccia al tesoro nello scatolone!